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扫描电镜可以采集多种不同类型的信号用于成像和分析，其中二次电子(SE)和背散射电子(BSE)信号是基本也是常见的两种信号类型。
不同厂家和型号的电镜在采集SE，BSE信号时所用的探测器都具有各自特的技术，但旁置式二次电子探测器和极靴下背散射电子探测器在架构和工作原理方面相对固定，应用也很广泛，因此本文只会对旁置式二次电子探测器和极靴下背散射电子探测器进行介绍。
蔡司热场发射扫描电子显微镜SIGMA 500采用Gemini电子束非交叉光路设计，突破了传统设计中电子束交叉三次造成能量扩散的限制。束流适中，大大降低了色差对成像质量的影响。镜头镜筒内置电子束加速器，无需切换减速模式即可实现的低电压成像。低20V可成像，样品类型不受限制。透镜镜筒物镜采用静电透镜和电磁透镜相结合的方式，在工作距离范围内没有磁场，可在高倍率下观察磁性材料。环形二次电子探测器In-Lens安装在镜筒的正光路上。圆柱形一体化超大样品室配备5轴全自动中心样品台，可容纳直径250mm的超大样品。同一品牌的电子显微镜和光学显微镜可以组合观察(可选)，只有一个通用的样品架和配套的软件是Shuttle&Find，可以充分发挥光镜和电子镜各自的优势
激光扫描共聚焦显微镜是在传统荧光显微镜成像的基础上采用激光作为光源，通过使用激光扫描装置和共轭聚焦装置，利用计算机对所观察的对象进行数字图像处理的现代化光学显微镜。它能以的分辨率采集细胞或组织内部的荧光标记图像、观察细胞或组织内部的微细结构和形态学变化、在亚细胞水平观察胞内重要离子浓度或 pH 的变化、结合电生理技术观察和记录细胞的生理活动。使用激光扫描共聚焦显微镜，还可以对观察样品进行断层扫描和成像、重构和分析细胞的三维空间结构。
组织透明处理技术能够让您深入大型生物样品内，例如：组织切片、大脑、胚胎、器官球状体或活组织切片。您可以使用增强的光学穿透深度来捕获整个器官的荧光信号。这也令其成为一项具有发展前景的技术，例如：检测小鼠大脑神经元网络。
真空系统主要包括真空泵和真空柱两部分。
真空柱是一个密封的柱形容器。真空泵用来在真空柱内产生真空。有机械泵、油扩散泵以及涡轮分子泵三大类，机械泵加油扩散泵的组合可以满足配置钨灯丝枪的扫描电镜的真空要求，但对于装置了场致发射枪或六硼化镧及六硼化铈枪的扫描电镜,则需要机械泵加涡轮分子泵的组合。成象系统和电子束系统均内置在真空柱中。真空柱底端即为右图所示的样品室，用于放置样品。
扫描电镜除能检测二次电子图像以外，还能检测背散射电子、透射电子、特征x射线、阴极发光等信号图像。其成像原理与二次电子像相同。在进行扫描电镜观察前，要对样品作相应的处理。
对样品的要求
1、不会被电子束分解
2、在电子束扫描下热稳定性要好
3、能提供导电和导热通道
4、大小与厚度要适于样品台的安装
5、观察面应该清洁，物
6、进行微区成分分析的表面应平整
7、磁性试样要预先去磁，以免观察时电子束受到磁场的影响
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