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STEM探测器和经典的极靴下背散射电子探测器类似，一般也采用半导体材质，并分割为好几块，
其中一块位于样品的正下方，主要用于接收正透过样品的透射电子，即所谓的明场模式；还有的位于明场探测器的周围，接收经过散射的透射电子，即所谓的暗场模式。
使用全新样品定位方法创建多视角（ Multiview） 数据
使用折射率 n=1.38 的 Scale 介质（Hama 等，Nat Neurosci 期刊，2011 年），或折射率 n=1.45 的水性澄清液（例如：CelExplorer Labs 公司生产的 FocusClear™ 产品）进行透明处理的组织来完成实验
使用可选的触发界面维持生理条件，充分发挥成像信息和环境条件控制两者相结合的优势
光透技术
组织透明处理技术能够让您深入大型生物样品内，例如：组织切片、大脑、胚胎、器官球状体或活组织切片。您可以使用增强的光学穿透深度来捕获整个器官的荧光信号。这也令其成为一项具有发展前景的技术，例如：检测小鼠大脑神经元网络。
